想发高分文章？10x Genomics单细胞+空间多组学了解一下！

近年来，单细胞测序相关的研究越来越热，几乎每天都有好几篇文章发表，其中很多都是CNS这样的著名期刊。并且很多第一作者都是在读博士。现在发文章真的都这么容易吗？

现在，小编隆重的向您推荐一个技术：单细胞+空间多组学！这两个技术频频上榜Science, Nature Methods, The Scientist Top10,其热度已经不必再多说，接下来小编将通过几篇单细胞+空间多组学文献，带您领略高分文章，也可以So easy！

—— NO.1 ——

文章名称：Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma

中文题目：人鳞状细胞癌单细胞及空间结构的多组学分析

发表期刊：Cell

发表时间：2020年7月

影响因子：36.216

本文的研究对象是皮肤鳞状细胞癌（cSCC），结合10xGenomics单细胞转录组测序和Visium空间基因表达解决方案，研究了人cSCC和配对的正常皮肤。发现cSCC有四个肿瘤细胞亚群，三个涵盖正常表皮状态的亚群，一个定位于纤维血管微环境的肿瘤特异性角质形成细胞亚群（TSK）。将单细胞和空间数据映射的配体-受体网络与特定细胞类型整合，揭示TSK是细胞间通讯的枢纽。观察到免疫抑制的多种特征，包括T调节细胞（Treg）与CD8 T细胞共定位于分隔的肿瘤基质中。最后，人类肿瘤异种移植物的单细胞表征和体内CRISPR筛选鉴定了肿瘤发生中起关键作用的特定肿瘤亚群富集基因网络。本研究分析了cSCC肿瘤和基质细胞亚群，它们相互作用的空间微环境，以及它们参与的癌症通讯基因网络。

—— No.2 ——

文章名称：Exuberant fibroblast activity compromises lung function via ADAMTS4

中文题目：过度的成纤维细胞激活通过ADAMTS4损害肺部功能

发表期刊：Nature

发表时间：2020年10月

影响因子：42.779

研究人员首先采用甲型流感病毒感染小鼠，在感染后的第0，1，3和6天后，利用10x Genomics单细胞基因表达解决方案对肺部CD45阴性细胞进行单细胞测序分析，并分离出了3个主要的细胞群。发现在病毒感染过程中过度激活的成纤维细胞可产生细胞外基质（extracellular mqECM）重塑酶—尤其是ECM蛋白酶ADAMTS4。那么成纤维细胞在解剖学结构上是如何响应并发生改变的呢？研究人员利用10x Genomics Visium空间转录组解决方案在呼吸窘迫最严重的时候（感染后第10天）对小鼠肺部切片进行了空间转录组分析，发现ADAMTS4的表达限制在肺泡附近的炎症部位，提示了远端气道DRFibs表达ADAMTS4是一个重要的反应节点。总之，这项研究发现病毒感染可导致成纤维细胞不同转录状态的改变，其中部分成纤维细胞（DRFibs）可以通过表达ADAMTS4等重塑肺部微环境，促进免疫细胞浸润，导致肺部功能受损。因此，ADAMTS4可以作为一个包括急性呼吸窘迫综合征在内相关疾病的治疗靶点。

—— No.3 ——

文章名称：Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution

中文题目：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析

发表期刊：Cell

发表时间：2021年1月

影响因子：36.216

肠是人体的屏障器官，可协调与肠道菌群的共生、营养需求及免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态，但是它们发育的分子基础尚不清楚。本文利用10x Genomics公司高通量的scRNA-seq结合Visium空间基因表达解决方案，创建了人类肠道发育的大规模单细胞时空图谱，绘制了跨时间、位置和细胞区室的形态发生图，描述了隐窝-绒毛轴形成的原理，神经、血管、间充质的形态发生以及发育中肠道的免疫群体，并汇编了一个公开可用的在线资源，即胎儿肠道发育的时空分析资源（STAR-FINDer），对细胞多样性、细胞间信号传导和转录调控网络进行了分类，以突出祖细胞的起源和位置的命运决定。