哪些物种已经发表了10x Genomics单细胞文章？快来看看吧！
其实大家更关心的是哪些物种还没有单细胞测序的文章发表吧
10x Genomics技术推动着单细胞时代的快速发展，目前，已经有很多物种开展了单细胞测序研究。对于每一个物种的研究领域，很多科研工作者都在抢首篇单细胞文章的发表。大家快来看看，还有多少物种的单细胞测序还处于留白阶段，赶紧抢占高地啦！即使您研究的物种已经发表过高通量单细胞文章，那么也不要紧，我们可以接着发第二篇，第三篇，反正发表单细胞文章也很快！
下面，小编举例一些已经发表10x Genomics单细胞文章的物种的研究内容，希望可以为您的研究提供一些思路！
No.1 食蟹猴
文章题目：Molecular Classification and Comparative Taxonomics of Foveal and Peripheral Cells in Primate Retina
中文题目：灵长类视网膜中央凹细胞和外周视网膜细胞的分子分类和比较
文章期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2019年2月
从食蟹猴（一种猕猴）中采集了165,000个视网膜细胞，进行10x Genomics单细胞测序分析。这些细胞一大半来自中央凹，其余一半来自周围视网膜，以此对两个部位的细胞进行系统分型以及比较。作者一共鉴定出了超过70种细胞，其中超过60种细胞类型在两类区域（中央凹和周围视网膜）都存在，但是在细胞比例和基因表达上表现出差异。猕猴视网膜类型与小鼠视网膜类型的比较揭示了中间神经元是十分保守的。相反，视网膜神经节细胞在猕猴中存在特异性（某些细胞猕猴中有，但小鼠里没有）。在关键细胞类型和基因上，猕猴与人类是高度保守的。人类中190多个与7种人类视网膜疾病相关的基因，在猕猴视网膜亚群特异表达基因中可以找到同源基因。
No.2 猪
文章题目：Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential
中文题目：单细胞RNA测序和蛋白质组学的关联分析揭示了Ca2 +信号在确定骨骼肌发育潜力中的重要作用
文章期刊：Cells
影响因子：4.366
发表时间：2020年4月
本文以肥胖型和瘦型猪肌肉衍生细胞为研究对象，利用10x Genomics单细胞转录组测序技术发现，作为高瘦肉产量基因选择的结果，瘦肉型猪显著的骨骼肌特征主要建立在增强的肌生成上，而不是抑制脂肪生成上；细胞轨迹证明，肌祖细胞分化为卫星干细胞，随后分化为卫星细胞和成肌细胞，成肌细胞进一步分化为肌细胞；与肥胖型猪相比，瘦型猪的肌系细胞更接近于肌源祖细胞的原始阶段。蛋白质组学分析发现，两种来源的肌系细胞之间的差异化表达蛋白主要参与肌肉发育、细胞增殖和分化、离子稳态、凋亡和MAPK信号通路；细胞内离子稳态的调节，特别是Ca2+，在两种来源的肌谱系细胞之间显著变化；与肥胖型猪相比，瘦型猪肌系细胞的细胞质和内质网Ca2+浓度较低。综上所述，肌系细胞的较高比例和较强分化能力是瘦型猪成肌分化能力较高和肌内脂肪沉积较低的主要原因。瘦型猪肌系细胞内相对低浓度Ca2+有利于肌细胞系细胞保持强大的分化潜力。
No.3 鸡
文章题目：Identification of diverse cell populations in skeletal muscles and biomarkers for intramuscular fat of chicken by single-cell RNA sequencing
中文题目：鸡骨骼肌和脂肪的细胞组成及标志物鉴定
文章期刊：BMC Genomics
影响因子：3.594
发表时间：2020年11月
骨骼肌的发育与肉品生产效率和肉品品质密切相关。鸡骨骼肌的发育依赖于肌生成和脂肪生成，分为增生和肥大两个阶段。然而，与二阶段肌肉发育相对应的细胞形态尚未确定。本研究利用10x Genomics单细胞测序发现在鸡胸肌中，孵化后第5天发育阶段与第100天发育阶段的细胞聚集的模式有所不同。在第100天的终末分化阶段，细胞群边界清晰，而细胞在第5天分化不完全。从脂肪细胞群上调基因中筛选出APOA1和COL1A1，通过RNA原位杂交发现它们与胸肌中ADIPOQ脂肪细胞标记基因共表达。本研究首次描述了鸡骨骼肌在两个发育阶段的异质性，可将APOA1和COL1A1基因作为鸡肌内脂肪细胞的生物标志物。
No.4 非洲爪蟾
文章题目：Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail
中文题目：非洲爪蟾尾巴中的再生组织细胞的鉴定
文章期刊：Science
影响因子：41.058
发表时间：2019年5月
与哺乳动物不同，非洲爪蟾蝌蚪有很高的再生潜力。为了表征这种再生反应，研究人员对爪蟾蝌蚪尾部截肢后（具有再生能力和再生无能非洲爪蟾蝌蚪尾巴截肢后的不同发育阶段尾巴,以及同一发展阶段未受伤尾巴）进行了10x Genomics单细胞RNA测序。通过比较具有再生能力蝌蚪和再生无能蝌蚪间的差异，确定了一个以前未被认识的细胞类型，称为再生组织细胞(ROC)。在正常的尾巴发育过程中，ROCs存在于表皮，并特异性地重新定位到再生能力良好的蝌蚪的截肢平面，形成创伤的表皮。遗传消融或人工切除ROCs会阻碍尾部再生，而移植含有ROCs的移植物可以诱导早期胚胎异位生长。转录谱分析显示，ROCs分泌与再生通路相关的关键配体，向祖细胞发出信号以重建丢失的组织。这些发现揭示了ROCs形成创面表皮并确保成功再生的细胞机制。
No.5 罗非鱼
文章题目：Single-cell RNA-seq reveals different subsets of non-specific cytotoxic cells in teleost
中文题目：scRNA-seq揭示罗非鱼非特异性细胞毒性细胞的异质性
文章期刊：Genomics
影响因子：6.205
发表时间：2020年9月
本文利用10x Genomics单细胞测序技术，绘制罗非鱼免疫细胞图谱。免疫细胞图谱包含两组罗非鱼共计24062个细胞，所有细胞可以被划分为NCC（非特异性细胞毒性细胞）、B细胞、T细胞和巨噬细胞四大类。针对作者关注的NCC细胞，被进一步划分为记忆NCC、前体NCC、未成熟NCC和成熟NCC四种亚类。NCC四个亚型之间表现出明显的表达差异性，而它们的表达特征又与NK细胞的表达特征相符，这一结果支持NCC细胞是NK细胞的进化上的前体的观点。
No.6 斑马鱼
文章题目：Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish
中文题目：斑马鱼细胞昼夜节律振荡器的单细胞体内成像
文章期刊：Plos Biology
影响因子：7.076
发表时间：2019年5月
生物钟是在胚胎发育过程中逐渐建立的一种细胞自主的时间保持机制。作者产生了一个转基因斑马鱼品系，携带一个由核心时钟基因nr1d1启动子驱动的不稳定荧光蛋白。本研究从受精后6.5天的转基因斑马鱼大脑中分离得到的约15,000个细胞，利用10x Genomics单细胞测序，以报道单细胞水平的体内昼夜节律。通过对转基因鱼的延时成像和三维重建，作者观察到报道基因的表达从松果体的光感受器开始，然后以单细胞水平扩散到大脑其他区域的细胞。即使在松果体内，作者也发现了nr1d1表达的异质性，其中每个细胞都经历了叠加在特定细胞类型发育轨迹上的昼夜节律振荡。此外，作者也发现nr1d1的单细胞表达在光-暗周期下表现出同步的昼夜节律振荡。值得注意的是，在持续黑暗条件下饲养的动物中，尽管发育趋势仍在持续，单细胞振荡被显著抑制，而不是去同步化。这表明早期斑马鱼胚胎中的光照对细胞昼夜节律振荡有显著影响。
No.7 海鞘
文章题目：Shared evolutionary origin of vertebrate neural crest and cranial placodes
中文题目：利用海鞘研究脊椎动物神经嵴和脑神经基板共同演化起源
文章期刊：Nature
影响因子：42.779
发表时间：2018年8月
针对玻璃海鞘尾芽期胚胎，通过10×Genomics单细胞转录组测序，研究通过联合谱系追踪，基因编辑破坏和单细胞RNA测序分析，探索原始脊椎动物--玻璃海鞘侧板外胚层的特性。玻璃海鞘侧板与脊椎动物神经板外胚层的区室化存在显着的相似性，在玻璃海鞘中，这种区室化网络产生了不同但相关的感觉细胞类型。基因破坏导致一种感觉细胞类型转化为另一种感觉细胞类型。进一步研究双极尾神经元，发现其很容易转变为触诊感觉细胞，通过全胚胎单细胞RNA测序分析证实了转化存在。这些结果表明，侧板外胚层区块化是脊椎动物脑神经基板和神经嵴的共同演化起源。
No.8 果蝇
文章题目：A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain
中文题目：成年果蝇大脑细胞图谱绘制
文章期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2018年8月
果蝇大脑虽然只有大约10万多个细胞，其中85% - 90%为神经细胞，但却能编码广泛且复杂的行为，是进行功能研究的理想材料。本研究共取40只果蝇大脑（雌雄各半）8个时间点，进行10X单细胞转录组测序，并用FACS分选目标细胞，进行SMART-seq2、CEL-Seq2测序；另外，对两只果蝇大脑进行ATAC-seq测序。研究构建了全面的成年果蝇大脑细胞图谱，达到了约1X“细胞覆盖率”；开发了SCENIC果蝇数据库，能映射出果蝇大脑中神经元和神经胶质类细胞的基因调控网络；绘制了大脑衰老过程中的细胞状态变化，利用机器学习的方法，根据细胞的基因表达谱来准确预测细胞的年龄。
No.9 疟原虫
文章题目：The Malaria Cell Atlas: Single parasite transcriptomes across the complete Plasmodium life cycle
中文题目：利用单细胞数据研究疟原虫“一生”的变化
文章期刊：Science
影响因子：41.058
发表时间：2019年8月
疟原虫是一种单细胞寄生性的原生动物，因此单个细胞测序得到的数据即为疟原虫个体。研究先用SMART-seq2检测了某一种疟原虫的1787个单细胞（即1787个个体）转录组数据，涵盖了该物种生命周期 10个时间点。进一步，用10x RNA-seq对红细胞内发育周期中的三种不同疟原虫进行单细胞测序，一共获得15,858个细胞（个体）转录组数据。疟原虫在多种哺乳动物宿主和蚊子媒介环境的过渡过程中采用了不同的生命形态。研究获得了疟原虫完整生命周期的高分辨率单细胞转录图谱。图谱从单细胞水平精确定义了三种不同的人类疟原虫的发育过程，包括直接从受感染个体中分离的疟原虫。疟原虫细胞图谱既呈现了真核寄生虫整个生命周期中的基因表达规律，也提供了疟原虫相关疾病研究的开放参考数据集。
