Cell丨10x Genomics单细胞+空间转录组绘制人类肠道发育分子图谱
文章名称：Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution
中文题目：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析
发表期刊：Cell
发表时间：2021年1月
影响因子：36.216
文章摘要
肠是人体的屏障器官，可协调与肠道菌群的共生、营养需求及免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态，但是它们发育的分子基础尚不清楚。本文利用10x Genomics公司高通量的scRNA-seq结合Visium空间基因表达解决方案，创建了人类肠道发育的大规模单细胞时空图谱，绘制了跨时间、位置和细胞区室的形态发生图，描述了隐窝-绒毛轴形成的原理，神经、血管、间充质的形态发生以及发育中肠道的免疫群体，并汇编了一个公开可用的在线资源，即胎儿肠道发育的时空分析资源（STAR-FINDer），对细胞多样性、细胞间信号传导和转录调控网络进行了分类，以突出祖细胞的起源和位置的命运决定。
研究思路
图1-研究思路
研究结论
图2-基于时间和空间的细胞分群及细胞受体配体预测
图3-不同细胞类型空间位置定位、细胞类型信号相关性分析及空间深度相关基因功能富集
图4-细胞类型位置分布差异、轨迹分析和RNA速率分析验证、不同时期细胞统计
图5-上皮细胞簇marker表达、GATA4、LGR5原位杂交验证
图6-杯状细胞、EEC细胞统计，TPH1-HTR2B信号途径，BEST4原位杂交及BEST4/OTOP2细胞统计
图7-内皮细胞分群及不同时期细胞类型统计
图8-不同时期神经元及胶质祖细胞统计，神经细胞肠道肌层分布，肠平滑肌细胞簇分群，不同肌层细胞不同发育时期统计
图9-成纤维细胞分群及轨迹分析，LRP1与配体HSPG2共定位，S3 HAND1+和S3 EBF+细胞空间分布
图10-形态发生分子STRING相互作用组的图形可视化，细胞类型模块与空间模块共定位
图11-S2成纤维细胞定位及其marker基因F3在不同发育时期的原位杂交定位
图12-肠道免疫细胞分群，不同时间点免疫细胞统计，结肠特异性神经胶质细胞群
图13-S4与免疫细胞空间定位及RL对的显著共定位
