技术原理
CODEX的核心设计原理是每种抗体上标记特异性寡核苷酸“条形码标签”(Barcode), 而不是直接标记荧光染料。成像所需的荧光染料是通过和Barcode互补的寡核苷酸序列特异性结合,使得CODEX突破可见光谱荧光成像通道数量的限制,轻松实现50种或更多蛋白指标的同时检测及分析。
技术优势
●可以实现同一样本50多种的蛋白标记物的检测及深度分析
●提供全自动染色,成像,分析一体化解决方案
●支持石蜡切片,冰冻切片,细胞涂片
结果展示
图 使用CODEX 36-plex 抗体探索人乳腺癌FFPE样本肿瘤微环境
服务项目
●样本前处理:冰冻切片/石蜡切片制备,切片
●样本质检:切片完整性检测
●抗体孵育:一次性孵育所选抗体(10种抗体起染,最多可以染50+种抗体)
●扫描成像:多轮成像,直至扫描完所有的颜色
●数据分析:根据客户需求,进行数据分析(如细胞聚类,细胞亚型定量分析等)
案例分享
斯坦福大学Gary Nolan教授团队在《Cell》上发表的 《Coordinated Cellular Neighborhoods Orchestrate Antitumoral Immunity at the Colorectal Cancer Invasive Front》 的工作和研究思路。
图一 Nolan教授团队的实验方法和分析思路
• 文章中使用CODEX自动化多色免疫荧光平台,深度分析了 35 CRC 患者140份组织样本56种蛋白指标的深度分析
• 作者通过拆解细胞交互关系,揭示组织微环境中的空间结构单元
• 揭示肿瘤和免疫结构互作关系的改变与患者预后风险的相关性
• 在高风险患者中局部微环境中的PD-1+CD4+ T 的富集比例和存活预期相关。
图二 组织芯片样本(TMAs)的56 色染色方案
CODEX系统通过循环图像采集,最终集成超多指标的免疫荧光图像,最后经过叠加等图像处理后,同一张样本切片上即可显示出56种不同的靶标的空间分布和相互位置关系。
图三 56色CODEX系统染色多组织TMA样本部分指标展示
同时,CODEX 多色免疫荧光平台获取的图像保留了单细胞水平的组织原位信息,为进一步分析细胞的空间结构和互作关系提供了可能性。在此基础上, 文章中鉴定了9个保守的、独特的细胞社区(CNs) - CRC iTME的特征组成的集合。(图四)
在高危患者亚群中,仅在粒细胞CN内富集PD-1+CD4+ T细胞与生存呈正相关。肿瘤与免疫中枢神经系统的偶联、T细胞和巨噬细胞的中枢神经系统的分裂和cn间通讯的中断与预后不良有关。这项研究提供了一个框架来探究复杂的生物过程,如抗肿瘤免疫,是如何通过细胞和空间域的协同作用发生的。
图四 CODEX平台获取组织原位信息并进行细胞社区分析方法概览
参考文献:Coordinated Cellular Neighborhoods Orchestrate Antitumoral Immunity at the Colorectal Cancer Invasive Front. Cell.2020.
如果您对CODEX 系统如何实现超多指标荧光染色感兴趣,欢迎通过marketing@accuramed.com 联系我们,获取更多信息。