云准服务|CODEX单细胞原位空间蛋白组表型分析服务

技术原理

CODEX的核心设计原理是每种抗体上标记特异性寡核苷酸“条形码标签”(Barcode), 而不是直接标记荧光染料。成像所需的荧光染料是通过和Barcode互补的寡核苷酸序列特异性结合，使得CODEX突破可见光谱荧光成像通道数量的限制，轻松实现50种或更多蛋白指标的同时检测及分析。

技术优势

●可以实现同一样本50多种的蛋白标记物的检测及深度分析

●提供全自动染色，成像，分析一体化解决方案

●支持石蜡切片，冰冻切片，细胞涂片

结果展示

图 使用CODEX 36-plex 抗体探索人乳腺癌FFPE样本肿瘤微环境

服务项目

●样本前处理：冰冻切片/石蜡切片制备，切片

●样本质检：切片完整性检测

●抗体孵育：一次性孵育所选抗体（10种抗体起染，最多可以染50+种抗体）

●扫描成像：多轮成像，直至扫描完所有的颜色 

●数据分析：根据客户需求，进行数据分析（如细胞聚类，细胞亚型定量分析等）

案例分享

斯坦福大学Gary Nolan教授团队在《Cell》上发表的 《Coordinated Cellular Neighborhoods Orchestrate Antitumoral Immunity at the Colorectal Cancer Invasive Front》 的工作和研究思路。

图一 Nolan教授团队的实验方法和分析思路

      • 文章中使用CODEX自动化多色免疫荧光平台，深度分析了 35 CRC 患者140份组织样本56种蛋白指标的深度分析

• 作者通过拆解细胞交互关系，揭示组织微环境中的空间结构单元

• 揭示肿瘤和免疫结构互作关系的改变与患者预后风险的相关性

• 在高风险患者中局部微环境中的PD-1+CD4+ T 的富集比例和存活预期相关。

图二 组织芯片样本（TMAs）的56 色染色方案

CODEX系统通过循环图像采集，最终集成超多指标的免疫荧光图像，最后经过叠加等图像处理后，同一张样本切片上即可显示出56种不同的靶标的空间分布和相互位置关系。

图三 56色CODEX系统染色多组织TMA样本部分指标展示

同时，CODEX 多色免疫荧光平台获取的图像保留了单细胞水平的组织原位信息，为进一步分析细胞的空间结构和互作关系提供了可能性。在此基础上， 文章中鉴定了9个保守的、独特的细胞社区(CNs) - CRC iTME的特征组成的集合。（图四）

在高危患者亚群中，仅在粒细胞CN内富集PD-1+CD4+ T细胞与生存呈正相关。肿瘤与免疫中枢神经系统的偶联、T细胞和巨噬细胞的中枢神经系统的分裂和cn间通讯的中断与预后不良有关。这项研究提供了一个框架来探究复杂的生物过程，如抗肿瘤免疫，是如何通过细胞和空间域的协同作用发生的。

图四 CODEX平台获取组织原位信息并进行细胞社区分析方法概览

参考文献：Coordinated Cellular Neighborhoods Orchestrate Antitumoral Immunity at the Colorectal Cancer Invasive Front. Cell.2020.