小白课堂 | 空间多组学高分文章分享

【文章简介】

自身免疫性疾病、慢性感染、移植物排斥和癌症中长期炎症和抗原持久性的组织中存在三级淋巴结构（TLS）。TLS是在成纤维细胞网络上形成的淋巴聚集体，包括一个T细胞区以及一个B细胞区。成熟的TLS存在一个生发中心（GC），其中包含T滤泡辅助（Tfh）细胞和与B细胞密切接触的滤泡树突状细胞。一些研究表明，含GC的成熟TLS，与临床预后有关，这在肝细胞癌、肺鳞状细胞癌、结直肠癌和胰癌中都有验证。本研究针对ccRCC原发性肿瘤，作者做了12个冷冻切片10x空间转录组和12个FFPE切片10x空间转录组并结合BCR分析、多色免疫荧光等分析，发现肿瘤中的三级淋巴结构产生成熟B细胞，随后浆细胞扩散到肿瘤基质中，产生抗体与肿瘤细胞结合并引发其凋亡。

肿瘤微环境中免疫细胞和基质细胞群的空间转录组学结果

【文章简介】

肝脏是人体的实体器官，但其特征目前我们了解的仍然不完整。在这里，研究人员绘制了一个健康且肥胖的人和鼠肝脏的空间蛋白质组图谱，结合了单细胞转录组+蛋白组测序、单核测序、10x空间转录组学、空间蛋白质组学。通过整合这些多组学数据集，本研究提供了经过验证的策略来可靠地区分和定位所有肝细胞，包括胆管中的脂质相关巨噬细胞 (LAM) 群。然后，研究将这个图谱在七个物种中进行验证，揭示真正的Kupffer细胞和 LAM 的保守程序。本研究还揭示了这些巨噬细胞各自的空间分辨细胞生态位和驱动其独特转录组特性的微环境回路。研究证明 LAM 是由局部脂质暴露诱导的，导致它们在小鼠和人类肝脏的脂肪变性区域中被诱导，而Kupffer细胞的发育关键取决于它们通过进化上保守的 ALK1-BMP9/10 轴与肝星状细胞的相互作用。

健康小鼠肝脏的蛋白质基因组图谱

肝转移（LM）是结直肠癌（CRC）死亡的主要原因，表现出高度的免疫微环境异质性和抑制性。本研究使用10x单细胞 RNA-seq 和Visium空间转录组学对 97 个匹配的样本进行了测序。值得注意的是，转移性微环境经历了显著的免疫抑制细胞空间重编程，如 MRC1⁺ CCL18⁺ M2 样巨噬细胞。本研究进一步开发了 scMetabolism，这是一种用于量化单细胞代谢的计算方法，并观察到这些巨噬细胞具有增强的代谢活性。有趣的是，新辅助化疗（NAC）可以阻断这种状态并恢复反应性患者的抗肿瘤免疫平衡，而无反应性患者则恶化为更具抑制性的状态。本研究描述了转移的免疫进化，并揭示了肿瘤如何对新辅助化疗做出反应。

多组学手段分析肿瘤免疫微环境

【文章简介】

由于目前我们对造血干细胞和多能祖细胞 (HSC/MPP) 在其原生生态位内扩展的细胞和分子机制的了解有限，因此也阻碍了我们基于干细胞的疗法在血液系统恶性肿瘤中的应用。在这里，研究人员构建了小鼠胎肝 (FL) 的时空转录组图谱。通过单细胞转录组学数据分析，揭示了三个转录异质 HSC/MPP 亚群，其中一个富含 CD93 的亚群表现出增强的干细胞特性。此外，通过对单细胞和10x空间转录组学进行综合分析，研究确定了新的 HSC/MPP“口袋样”单位（HSC PLUS），由生态位细胞（肝母细胞、基质细胞、内皮细胞和巨噬细胞）组成并富含生长因子。研究发现，巨噬细胞在 HSC PLUS 中显示出 11 倍的富集。在功能上，巨噬细IGFBP5）在 HSC/MPP 扩增中的支持作用。最后，跨物种分析和功能验证显示了保守的细胞-细胞相互作用和扩增机制，但小鼠和人类 FL HSCs/MPPs 之间存在不同的转录组特征。总之，这些结果为了解 FL 中 HSC/MPP 的发展提供了重要资源，并提供了对体外功能性 HSC/MPP 扩增的新见解。

单细胞及空间转录组联合分析解析HSC/MPP 

和生态位细胞之间的细胞-细胞相互作用