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Xenium亚细胞组织原位分析解决方案

亚细胞分辨率·RNA+蛋白多重分析·空间位置可视化

Xenium亚细胞空间原位分析服务同时兼容新鲜冷冻(FF)和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本,能够对组织切片上的数百个至数千个RNA靶点进行高通量的亚细胞水平分析,并对蛋白质进行多重检测。在空间层面上将蛋白质、组织学和基因表达的信息定位在一张图谱中,以高通量、高分辨率、多维度的数据为生物医学研究领域带来全新视角。

1.  首先进行样本制备,将FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上,对切片进行处理:FF样本进行固定和透化;FFPE样本进行脱蜡和解交联。

 

2.  接下来,利用可环化的DNA探针对组织切片进行标记,DNA探针由两端基因特异性序列结构和中部荧光探针特异性杂交位点构成。探针与组织样本原位RNA杂交过程中,仅当两端特异性序列精确匹配形成挂锁结构,才可以连接成环,并在酶的作用下滚环扩增,形成特异性扩增产物。

 

3.  在Xenium分析仪中,组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交,成像和探针去除,形成原位荧光信号序列,解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。不同基因探针浓度会根据表达量微调,使其具有更高的灵敏度、特异性和精确度,从而实现对大量目标基因的同时鉴定和定位。

 

4.  最后将获得的数据通过 Xenium In Situ平台直接输入软件进行初步处理,构建出整张组织切片上转录本的空间图谱。

 

未来,Xenium还能够检测同一组织切片中的RNA和蛋白质表达水平,以实现组织中复杂而精准的表达模式分析。

Xenium亚细胞组织原位分析送样要求

Xenium亚细胞组织原位分析技术优势

图   用Xenium分析新鲜冷冻小鼠大脑,获得的数据提供了极高分辨率的单细胞信息以及目标基因的空间定位


A.通过200-plex panel检测到小鼠脑的所有转录本

B.展示了部分细胞类型特异性标记

A

B

yes  更高的通量:捕获区域为10.45mm x 22.45mm,一次可同时支持两张玻片上机;

yes  高灵敏性和特异性:平均每个基因设计8对独特的挂锁式探针,表达量高低调整探针数量,增强检测的灵敏性和特异性;

yes  组织原位的亚细胞分辨率:结合原位显微成像的检测方法,保留RNA分子的原位特征,实现亚细胞水平的原位基因表达分析;

yes  高样本兼容性:能够识别短或高度降解的转录本,兼容FF、FFPE及TMA等各类常见样本类型。并且运行后能够保持组织形态完整性,可在同一张切片上获得RNA、IF和HE信息;

yes  灵活定制:在多种现有Panel基础上,可添加定制多达100个目标基因。

 

图   Xenium再现了从H&E图像中观察到的形态特征以及从Visium中获得的空间基因表达数据

 

A. ERBB2(HER2-灰色)、ESR1(雌激素受体-绿色)和PGR(孕酮受体-洋红色)编码转录本的Xenium空间图像

B. 三阳性感兴趣区域(ROI)的放大视图

C. 对应的H&E图像

E. 单独的Xenium空间图像,来自(B)

G. 从Visium中鉴定出三阳性区域(依靠Xenium的先验知识)

Xenium亚细胞组织原位分析研究领域

新鲜冷冻组织,石蜡包埋福尔马林浸泡组织,TMA

 

 

 

Xenium亚细胞组织原位分析主要原理和工作流程

Xenium亚细胞组织原位分析技术结果展示

*本服务仅限科研使用,不可用于临床诊断流程

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图A   Xenium完整捕获了从10x Chromium基因表达Flex数据中观察到的生物异质性

图B   与10x Chromium基因表达Flex相比,Xenium的灵敏度提高了1.4倍  

 

 

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